Universitas Katolik Santo Thomas Sumatera Utara disingkat UNIKA Santo Thomas didirikan pada tahun 1984 di Jl. S. Parman 107, Medan. Pada dekade pertama, pertumbuhan dan perkembangan UNIKA sangat pesat sehingga dibutuhkan lokasi kampus baru yang lebih luas. Pada tahun 1994, kampus baru di Tanjung Sari Medan diresmikan dan seluruh kegiatan Pengajaran, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat dipusatkan dan dirancang di kampus Tanjung Sari. Untuk Fakultas Filsafat dibuka kampus baru di Pematang Siantar, tepatnya di Sinaksak yang sekaligus merupakan tempat untuk pendidikan calon imam Katolik.
Kerjasama Fakultas Ilmu Komputer Unika Santo Thomas dengan Gereja Batak Karo Protestan (GBKP) terkait pengolahan data jemaat GBKP dan pengangan sistem digital di lingkungan GBKP.